Installieren eines Python-Pakets / Tools durch einen Nicht-Root-Benutzer

(1) Ich muss ein Python-Paket (HTSeq) installieren, aber ich habe keine Root-Berechtigungen.

Das Paket benötigt Python 2.4 oder neueste Version. Wir haben Python 2.3 auf unserem Cluster.

So habe ich python 2.7 auf meinem ein lokalen Verzeichnis installiert

./configure --prefix=/home/amit/tools/localpython make make install 

(2) Das Paket benötigt auch numpy: also habe ich es auch in meinem lokalen Verzeichnis installiert:

 /home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 setup.py install --home=/home/amit/tools/localnumpy 

und fertig

 >>> sys.path.append("/home/amit/tools/localnumpy/lib/") 

(3) Ich habe die tar-Datei von HTSeq heruntergeladen (was ich herunterladen möchte) und laufe

 /home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 setup.py install --home=/home/amit/tools/localhtseq 

Es wirft folgende fehler:

 Could not import 'setuptools', falling back to 'distutils'. Setup script for HTSeq: Failed to import 'numpy'. Please install numpy and then try again to install HTSeq. 

Bitte geben Sie mir einen Hinweis darauf, wie man darüber hinwegkommt

Danke im Voraus

2 Solutions collect form web for “Installieren eines Python-Pakets / Tools durch einen Nicht-Root-Benutzer”

Setuptools ist eine weitere Voraussetzung, die Sie benötigen, um dieses Paket zu installieren.

Eine Möglichkeit besteht darin, virtualenv zu verwenden, um eine enthaltene Pythonumgebung zu erstellen. Dies kann überall gemacht werden und gehört dem Benutzer, der es schafft.

Zur Installation von virtualenv ohne Administratorrechte (aus dieser Antwort ):

Download tar.gz der neuesten Version von virtualenv. Auspacken Sie müssen es nicht einmal installieren, sondern nur virtualenv.py ausführen, zum Beispiel:

 wget http://pypi.python.org/packages/source/v/virtualenv/virtualenv-1.7.1.2.tar.gz tar -xzf virtualenv-1.7.1.2.tar.gz /home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 virtualenv-1.7.1.2/virtualenv.py env env/bin/pip install HTSeq env/bin/pip install numpy 

Führen Sie nun Ihr Skript mit der Python-Binärdatei in der virtuellen Umgebung aus:

 env/bin/python myscript.py 

1) Du musst setuptools installieren (es ist notwendig, setup.py deines HTSeq auszuführen).

Download-Quellen tar.gz setuptools-0.6c11.tar.gz , entpacken Sie es, und dann die Schritte wie Sie installiert python2.7, aber in dem Ordner, wo Sie ausgepackt Setup-Tools:

 ./configure --prefix=/home/amit/tools/localpython make make install 

2) Wenn du setuptools installierst, wird eine easy_install Datei von easy_install in python2.7/scripts/ folder python2.7/scripts/ . Sie können es verwenden, um Pakete einfach zu installieren:

 /home/amit/tools/localpython/bin/python2.7/scripts/easy_install HTSeq 

Es wird automatisch das Paket finden und es herunterladen und installieren Sie es für Sie zusammen mit allen Abhängigkeiten.

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